Pour faire simple, un moteur de Template est une technique de programmation populaire qui permet de séparer distinctement l'interface graphique du reste de votre application.
Notez que par interface graphique j'entends toute la partie visuelle, la GUI, l'Interface, l'IHM, le skin, le visage, la moumoute, appelez ça comme vous voulez, ça n'en restera pas moins la partie qui constitue la communication visuelle avec l'utilisateur on ne parle donc pas uniquement du design mais aussi de la structure, de l'ergonomie, des animations etc...
Typiquement, un Template de projet web contiendra tous les fichiers html (structure),css et images (style/design) et JavaScript (animations).
Ainsi dans un projet web par exemple, le moteur de Template vous permettra d'avoir un fichier purement html/css/javascript d'un coté, et un fichier purement php/asp/java/... de l'autre vous dissociez donc d'un coté la vue (l'aspect visuel html/css etc..) des contrôleurs (le traitement pur des données via php/asp/java/ etc..)